水体自净广义指的是受污染的水体自身由于物理、化学、生物等方面的作用，使污染物浓度和毒性逐渐下降，经一段时间后恢复到受污染前的状态。狭义指的是水体中微生物氧化分解有机污染物而使水质净化的作用。
影响水体自净过程的因素很多，主要有：河流、湖泊、海洋等水体的水文、地形等条件；水中微生物的种类和数量；水温和复氧（大气中的氧溶于水体中）状况；水化学条件，以及污染物的性质和浓度。
水体自净过程有沉淀、稀释、混合等物理过程，氧化还原、分解化合、吸附凝聚等化学（也包括物理过程）过程及生物化学过程。各种过程同时发生，相互影响并相互交织进行。一般情况下水体净化以物理和生物化学过程为主。