依据地表水水域环境功能和保护目标，按功能高低依次划分为五类。
Ⅰ类：水质状况为优，主要适用于源头水和国家自然保护区；
Ⅱ类：水质状况为优，主要适用于集中式生活饮用水地表水源地一级保护区、珍惜水生生物栖息地、鱼虾类产卵场、仔稚幼鱼的索饵场等；
Ⅲ类：水质状况列为良好，主要适用于集中式生活饮用水地表水源地二级保护区、鱼虾类越冬场、洄游通道、水产养殖区等渔业水域及游泳区；
Ⅳ类：水质状况为轻度污染，主要适用于一般工业用水区及人体非直接接触的娱乐用水区；
Ⅴ类：水质状况为中度污染，主要适用于农业用水区及一般景观要求水域。 对应地表水上述五类水域功能，将地表水环境标准节本项目标准值分为五类，不同功能类别分别执行相应类别的标准值。水域功能类别高的标准值严于水域功能类别低的标准值。同一水域兼有多类使用功能的，执行最高功能类别对应的标准值。
深圳市集中式饮用水源执行地表水Ⅲ类标准，河流执行地表水Ⅴ类标准。