深圳市环境质量基本实现全覆盖监测，但仍存在一定不足。
一是部分要素如水环境监测当前仍主要依靠手工采样、实验室分析，自动监测点位较少，且监测数据利用程度较低，不能满足环境管理需求。未来需依托水质自动站建设项目，在深圳市主要河流、集中式饮用水源水库建设水质自动站，同时不断加强水质自动监测数据的利用。
二是受城市建成区的扩展、环境功能区划的改变、管理职能的部门间调整等因素影响，部分环境要素监测网络不能准确反映环境质量现状，需要结合国家“十四五”环境监测网络的布设工作，对现有监测点位进行优化调整，以便客观全面反映全市以及各区的环境质量状况。
三是地下水监测网络尚未完全建立，未形成多层次地下水监测网络。需建立覆盖主要水文地质单元、主要流域和主要城市区域的地下水监测网络。