根据《深圳市人居环境委员会关于发布深圳市人居环境委员会审批环境影响评价文件的建设项目名录（2013年本）的通知》，市环境保护行政主管部门负责审批下列建设项目环境影响评价文件（按规定须报国家和省环境保护行政主管部门审批的除外）：
1、列入年度市重大项目、列入市政府并联审批项目（在区环保部门相关电子系统完善前）；
2、按规定应当编制环境影响报告书的电力、水利、石油、天然气、化工、轻工、纺织化纤、汽车、船舶、电子、制药（化学药品制造除外）、选矿、非金属矿开采、水泥粉磨站、高速公路、轨道交通、水运、生活垃圾处理处置、医疗废物处理处置、污泥处理处置、日处理规模5万吨以上污水处理等项目；
3、按规定应当编制环境影响报告书的占用饮用水源保护区、市级以上自然保护区或《广东省环境保护规划》生态严控区的项目；
4、跨区级行政区域的项目；
5、可能造成跨区级行政区域环境不良影响，有关环保部门对环境影响评价结论有争议的项目；
6、市管污染源名单内企业的新、扩、改及变更项目；
7、在经审批的重污染行业统一定点基地内建设的印染（设漂染工序）和电镀（含配套电镀工序）项目，以及阳极氧化、新增工业废水日均排放量超过500吨等可能造成较大环境影响的项目；
8、规模为20蒸吨/小时及以上锅炉（余热利用、电锅炉除外）；
9、销售、使用IV类、V类放射源及生产、销售、使用III类射线装置的核技术应用项目，110千伏以上、220千伏以下送（输）电项目和跨区的变电项目，广播电视发射台、无线电台、雷达系统等按规定应编制环境影响报告表的电磁辐射项目；
10、申请上市项目，编制环境影响报告表的需开展环保核查的上市企业募集资金投向项目。
市东深水源保护办公室负责审批观澜河流域内由市环境保护行政主管部门审批的建设项目环境影响评价文件和深圳水库——东深供水渠流域水源保护区（地表径流直接进入深圳水库和东深供水渠的流域范围）内建设项目的环境影响评价文件。