根据市政府《关于印发深圳市重大投资项目审批制度改革方案的通知》（深府[2006]22号）和《关于印发深圳市重大投资项目审批制度第二阶段改革方案的通知》（深府[2006]265号）等有关文件的规定，市重大投资项目环保审批时限为12个工作日（其中，公示时间、现场检查及整改时间不计算在内）。另外，重大项目中的基本建设项目（包括市政府投资和社会投资），都纳入跨部门协同系统运行（具体审批程序参照市政府投资项目）。项目申报时须提供市重大办颁发的重大项目确认书复印件。